南普陀寺初建于唐五代时期，为“千年古刹”，大雄宝殿石柱上有副对联：“经始溯唐朝与开元而并古，普光被厦岛对太武以增辉”为证。唐五代时僧清浩始建，称泗洲院，北宋僧文翠改建成为无尽岩。

元代至正元年（1341）被毁，明朝洪武元年（1368）僧觉光重建，更名普照寺、普照院，常住僧众达百余人。明代永乐年间（1403-1424）重修，明末（1628）又毁于兵火。

清康熙二十三年（1684）靖海将军施琅平定台湾班师，梦见“慧日普照”四字。第二天，梦醒后的施琅将军得知厦门有座普照寺，寺中有位年高的住持，法号称“慧日”，心中感到非常惊异。

将军前往与老主持交谈佛法，言对甚欢。见到此寺多年失修，于是发心重建此寺，又因其在被追捕的危急关头和东征光复台湾海上遇险时都因诚念观世音菩萨圣号而得救，故感念菩萨灵感，在原普照寺的废墟上重建寺院，于大雄宝殿后的高坡上特建一座专门供奉观世音菩萨的大悲殿。

又依据《华严经》有言：“于此南方有山，名补怛洛迦山，彼有菩萨，名观自在”，由此世人将观世音菩萨的道场皆称为“普陀”，故改称新建菩萨应化道场为南普陀寺。

此后渡厦朝礼者日益增多，而观音大士慈悲化身灵感胜迹也很多，在人间救苦救难，南普陀寺成为闽南观世音信仰之中心而名扬海内外。