嘉祥寺位于浙江省绍兴县三甲乡赤祥村，在城南秦望山麓，其东与若耶山相望，若耶溪穿越二山之间向北奔流。东晋宁康元年（公元373年）至太元三年（公元378）间，会稽郡守王荟创建。

　　隋唐之际，有三论宗兴于嘉祥。开皇（581-600）中，江南被兵，摄山（南京栖霞山）之吉藏东赴越州，乃避居嘉祥。于散乱间独致意经籍，多方搜积。并广开法宴，从者千集。一时近悦远来，问道受业者不绝于途，至禹穴成市。吉藏随被号为“嘉祥大师”。由于吉藏先后完成了《中论》、《百论》、《十二门论》的章疏，后来便视作三论宗之祖，而“三论宗”亦被称为“嘉祥宗”。

　　吉藏有弟子智凯，在吉藏奉诏远赴长安后，继续于嘉祥寺敷讲三论。彼时四方义学八百余人，上下僚庶，依时翔集，盛况不减当年。有高丽僧慧灌，远来嘉祥，师从吉藏，精研三论章疏。回国后，奉高丽王之命，远赴日本，宣讲三论，为日本三论宗之初祖。乃至唐贞元三年（787），高丽僧道登来越州，止嘉祥寺，学习三论。后赴日本，至三论门庭之元兴寺敷演师说。

　　继此，乃有唐净土名僧曰少康，年少出家，至越州嘉祥寺习律受具，此间居停于嘉祥寺五年有余，乃移居上元龙兴寺。少康一生弘传净土法门甚力，时人称为“后善导”。后世之净土宗人尊其为净土宗之第五祖。

　　此后，有僧允文，为秀州嘉禾（浙江嘉兴）人，精相部律及《中观论》。唐开成元年（836），“止息越之嘉祥寺”。允文精研义理，敷阐毗尼、中观，从学之僧侣乃以千数。会昌五年（845），有诏废天下寺院，于越州独留大善寺，允文亦移居大善寺（时称开元寺）。于是嘉祥寺被毁。此后则无闻于“嘉祥”之名矣！观嘉祥寺之兴替，知其自南朝以至唐末，乃为江南的律学及中观名刹。惟法难骤起而毁于一旦，岂不惜哉！